This workshop at the Inspired Labs location in Tokyo, Japan, on March 6, 2025, aims to provide participants with an in-depth understanding of the capabilities offered by Mat3ra.com, specifically tailored for materials science research. Through interactive sessions, hands-on demonstrations, and Q&A discussions, attendees will gain insights into optimizing HPC resources for computational modeling, data management, and automation workflows within the Mat3ra platform. The workshop is free of charge, in-person and online, in English and Japanese.
2025 年 3 月 6 日に東京の Inspired Labs で開催されるこのワークショップは、参加者に Mat3ra.com が提供する、材料科学研究に特化した機能についての深い理解を提供することを目的としています。インタラクティブなセッション、ハンズオン デモンストレーション、Q&A ディスカッションを通じて、参加者は Mat3ra プラットフォーム内での計算モデリング、データ管理、自動化ワークフローのための HPC リソースの最適化について理解を深めることができます。ワークショップは無料です、ハイブリッド(対面とオンライン)、英語と日本語です。
Details
詳細
We invite our Japanese audience to the hands-on workshop in Tokyo, at the Inspired.Lab in Otemachi. The workshop is free of charge.
東京大手町のInspired.Labで開催されるハンズオンワークショップに日本の聴衆を招待します。ワークショップは無料です。
Presenters
プレゼンター
The workshop is organized by Mat3ra Japan and will feature:
ワークショップはMat3ra Japanが主催し、以下の方々が登壇します。
- Dr. Timur Bazhirov, Founder and CEO of Mat3ra.com / Dr. Timur Bazhirov、バジロフ ・ティムール博士、Mat3ra.comの創設者兼CEO
- Kazuki Mori, Senior Researcher, ITOCHU Techno-solutions • Computational Scientist (Consultant), Mat3ra Japan / 森 一樹博士、伊藤忠テクノソリューションズ主任研究員、Mat3ra Japanの計算科学者(コンサルタント)
- Mr. Jean-Dominique Francois, Business Development Lead, Mat3ra Japan / Mr. Jean-Dominique Francois、フランソワ・ジャンドミニク、Mat3ra Japanのビジネス開発リーダー
One can learn more about the presenters at https://www.mat3ra.com/about.
プレゼンターの詳細については、https://www.mat3ra.com/aboutをご覧ください。
Target audience
対象者
Scientists and Engineers working in condensed matter physics, materials science, chemistry, and related fields specializing in Density Functional Theory (DFT), Molecular Dynamics (MD), and related approaches.
Pre-requisites: some knowledge of basic physics concepts in materials science, such as crystal structures and physical properties of materials.
Recommended pre-requisites: familiarity with Linux/UNIX command line, basic knowledge of DFT, familiarity with simulation codes such as Quantum ESPRESSO, VASP, or similar.
The workshop is intended to be interactive with involved hands-on sessions, and a target audience size of 15-25.
凝縮物質物理学、材料科学、化学、および関連分野で働き、密度汎関数理論 (DFT)、分子動力学 (MD)、および関連アプローチを専門とする科学者およびエンジニア。
前提条件: 結晶構造や材料の物理的特性など、材料科学における基本的な物理学の概念に関するある程度の知識。
推奨される前提条件: Linux/UNIX コマンドラインの知識、DFT の基礎知識、Quantum ESPRESSO、VASP などのシミュレーション コードに関する知識。
ワークショップはインタラクティブで、実践的なセッションが組み込まれており、対象者は 15 ~ 25 人です。
Workshop structure
ワークショップの構成
This workshop aims to provide participants with an in-depth understanding of the capabilities offered by Mat3ra.com, specifically tailored for materials science research. Through interactive sessions, hands-on demonstrations, and Q&A discussions, attendees will gain insights into optimizing HPC resources for computational modeling, data management, and automation workflows within the Mat3ra platform.
このワークショップの目的は、参加者に Mat3ra.com が提供する機能、特に材料科学研究向けにカスタマイズされた機能について深く理解してもらうことです。インタラクティブなセッション、実践的なデモンストレーション、Q&A ディスカッションを通じて、参加者は Mat3ra プラットフォーム内での計算モデリング、データ管理、および自動化ワークフローのための HPC リソースの最適化に関する洞察を得ることができます。
Agenda
アジェンダ
Time / 時間 | Contents / 内容 | Notes / Presenter(s) /メモ / プレゼンター |
10:00 - 12:10 | The introduction to Mat3ra.com / Mat3ra: Materials R&D Cloud の紹介: | Timur Bazhirov, Ph.D. Kazuki Mori, Ph.D. |
12:10 - 13:00 | Lunch break + Networking / 昼食休憩+ネットワーキング | Food will be provided |
13.00 - 15.00 | Hands-on demonstration / ハンズオン デモンストレーション: Materials structures / 材料構造 Simulation Workflows / シミュレーション ワークフロー Simulation Jobs / シミュレーション ジョブ
| Timur Bazhirov, Ph.D. Kazuki Mori, Ph.D. |
15:00 - 17.00 | Advanced Topics / 高度なトピック: | Timur Bazhirov, Ph.D. Kazuki Mori, Ph.D. |
17:00 - 18:00 | Optional / オプションだ: | Timur Bazhirov, Ph.D. Jean-Dominique Francois |
Detailed Agenda
Workshop data is available at this link.
Start
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Summary
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Detailed Content
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Presenter(s)
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10:00
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Workshop introduction
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Introduction of the workshop schedule, goals, agenda.
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KM, JD
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10:10
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Platform introduction
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Mat3ra.com capabilities: (1) company background, its vision, mission, and the present state; (2) the platform capabilities, and case studies overview.
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TB
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10:45
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Platform UI overview
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Hands-on session exploring the main aspects of the platform UI, including the following:
Preliminary
UI overview
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TB
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11:30
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Materials
basic actions
data infrastructure
-
example JSON representation:
-
identifying uniqueness
-
metadata
-
search / advanced search / pro search
-
bank collection / data visibility
atomic design capabilities
-
create/delete atoms
-
edit crystal lattice and basis parameters
-
supercells, combinatorial sets, surfaces
-
advanced options - mat3ra-made notebooks:
Properties
categorization:
-
descriptive
-
characteristic
-
precision
data infrastructure:
other property categories:
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TB
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12:00
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Lunch + Focus discussion(s) in the semi-private space.
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13:00
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Welcome back and the Remaining Workshop Overview (10 mins)
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JD, KM
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13:10-14:00
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Workflows
data infrastructure
workflow datasets
basic actions
-
create / update / clone / search
-
copy from shared bank / use inside a job
-
add/remove (sub)workflow units
-
unit templates and rendering
convergence and relaxation examples
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14:00 ~ 15:00
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Jobs.
data infrastructure
basic actions
-
create / create a jobs set / clone / search
-
add / remove materials
-
select workflow / adjust during job creation
-
adjust workflow dataset (pseudopotentials)
-
set compute parameters
compute infrastructure overview
command-line jobs:
jobs:
-
Upload a set of materials
-
Import additional set from online database
-
Copy workflow(s) from the shared workflows bank
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15:00 ~ 16:00
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Hands-on real-world example calculations
Specific advanced examples:
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By KM
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16:00 ~ 17:00
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Using REST-API
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RESTful API basics:
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https://docs.mat3ra.com/rest-api/overview/
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https://api-explorer.mat3ra.com/#!/API/post_login
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https://github.com/Exabyte-io/api-client
-
Accessing API-Examples:
-
https://github.com/Exabyte-io/api-examples
-
via the web platform
-
Authentication:
-
Via the web platform in JupyterLite session
-
Via standalone Python environment
-
Querying the data:
-
Via the web platform or in a JupyterLite session
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Via standalone Python/JupyterLab environment
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Creating the Entities:
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Materials
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Workflow(s)
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Job(s)
-
Additional Items:
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High-throughput calculations
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Creating ML models
Other items:
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TB
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17:00 ~ 17:30
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Q&A
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17:30 ~ 18:30
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Happy Hour
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References
- Timur Bazhirov, “Data-centric online ecosystem for digital materials science”, manuscript, 2019, arxiv.org preprint: https://arxiv.org/abs/1902.10838
- Protik Das, Mohammad Mohammadi, and Timur Bazhirov, “Accessible computational materials design with high fidelity and high throughput”, manuscript, 2018, arxiv.org preprint: https://arxiv.org/abs/1807.05623
- Protik Das and Timur Bazhirov, “Electronic properties of binary compounds with high fidelity and high throughput”, Journal of Physics: Conference Series, volume 1290, pages 012011, 2019
- Timur Bazhirov and E. X. Abot, “Fast and accessible first-principles calculations of vibrational properties of materials”, manuscript, 2018, arxiv.org preprint: https://arxiv.org/abs/1808.10011
- Mohammad Mohammadi, Timur Bazhirov, “Comparative benchmarking of cloud computing vendors with high-performance Linpack”, Proceedings of the 2nd International Conference on High-Performance Compilation, Computing and Communications, 2018, https://dl.acm.org/citation.cfm?doid=3195612.3195613